为推动建立校院两级筹资机制，形成学院筹资良好氛围，推进学院在人才培养、队伍建设、科学研究等方面的长远建设，设立院系基金。学校现有17个学院设立院系基金。

江南大学食科教育发展基金、生工学院校友基金、设计学院教育基金、纺织教育发展基金、化工教育发展基金、物联网工程学院教育发展基金、环土学院教育发展基金、机械学院教育发展基金、人工智能与计算机学院教育发展基金、马克思主义学院教育发展基金、江南大学无锡医学院教育发展基金、江南大学生命科学与健康工程学院教育基金、商学院“涓流成海”基金、理学院数理基金、人文学院教育发展基金、外国语学院教育发展基金、法学院教育发展基金。